El Manual tiene el objetivo de proporcionar información resumida y clara sobre temas de importancia para las comunidades indígenas y campesinas como son el acceso a los recursos genéticos, la protección de los conocimientos tradicionales, la preservación de la agrobiodiversidad y la bioseguridad. Busca promover la participación activa y recabar las propuestas de pueblos indígenas del Perú en los asuntos mencionados.